司马贞写的《三皇本纪》里，对于女娲的身世含糊其词,他说女娲和伏羲一样，都姓风，都是蛇身人首，都有神圣之德。至于他们之间到底是啥关系，只好让读者自己去猜了。
自古以来，关于伏羲与女娲的关系，便众说纷纭。有说他们之间没有关系的，有说他们是兄妹的，有说他们是夫妻的，甚至有说他们本是兄妹后来结为夫妻的。个中纷繁复杂的背后，又有着怎么样的故事呢？
没有关系
最早提及伏羲的《易·系辞》里没有提到女娲，而最早言及女娲的文献如《楚辞·天问》《山海经》里也没有提到伏羲。
流传下来的女娲故事里，她在忙着用泥巴捏小人；她在忙着炼五色石以补苍天，帮助人们战胜天灾；她在忙着酿造美酒犒劳辛苦劳作的人们。流传下来的伏羲故事里，他在忙着观察天地万物，总结自然、社会规律；他在忙着画八卦、造文字；他在忙着创造帝号、物名、官职、都城、房屋、弧矢、干戈、钱币、裘冠、繐帛、桴筏、杵臼、木梳、医药等等。
伏羲和女娲做的这些事情都是大工程，可是也没见对方有来帮忙的呀。可以感到他们俩实际上在各忙各的，没有什么交集。女娲在忙着造人，帮助人类创造一个安全的生存环境，让人们生活变得更好一些；伏羲则忙着改善人们的生产水平，完善各种社会制度，提升先民们的文明程度与文化水平。
由此可见，早期的先民们认为伏羲与女娲是上古时期两个独立的创世先祖。这可能是因为，他们的神话传说产生于不同的历史时期：女娲神话比较久远，社会还处在母系氏族时期，人们相信创世先祖是一位强大的女性；而伏羲神话则产生于母系氏族向父系氏族过渡的时期，创世先祖便成了一位强大的男性。
兄妹关系
华夏族是渊源流传、一脉相承的伟大民族。然而传说中却有着两个彼此之间没有关系的创世先祖，这显得很不合乎情理。于是后来人便要给他俩创造出一些关系，好把两个创世先祖给粘连在一起。
汉代的《风俗通》中说 “女娲，伏希(羲)之妹”。《春秋世谱》中则记载了华胥生下伏羲与女娲的故事：
传说某一天，华胥来到了野草滋长、水鸟歌唱的雷泽湖边，发现了一串巨人脚印。她十分好奇，便在脚印里面走来走去，结果她就怀孕了。东晋人王嘉在《拾遗记》里记载：“华胥怀孕十二年才生下的伏羲。”后来华胥再接再厉，又生了一个女儿，那便是女娲。
夫妻关系
汉代的《淮南子》里最早开始将两个人并列记载，然而文中也没明确说清楚他们之间的关系。然而经过考古发现，汉代时期的墓葬中出土了很多伏羲女娲图。图中的伏羲与女娲半人半兽，人首蛇身。他们俩的蛇身彼此缠绕，相互交尾呈双螺旋状。
把伏羲与女娲画成这样有着阴阳相合之意。蛇类在交配时会两蛇相缠，呈螺旋状，这与伏羲女娲图很相似，暗示了两者之间有着夫妻关系。所以汉代在夫妻合葬墓中会画上这样的伏羲女娲图，寓意着希望亡者能够像伏羲女娲一样夫妻和睦，在另一个世界也永不分离。由此推测，这一时期民间已经有了将两者作为夫妻来看待的传说了。
郭沫若认为，伏羲女娲关系发生变化，反映了社会进入到父权制之后，男性的地位升高，女性的地位下降。为了显示出这种变化，人们需要将女娲同伏羲的关系从地位比较平等的兄妹降低为地位不平等的夫妻。
本是兄妹成为夫妻
南方少数民族的民间传说中，很早就有伏羲与女娲兄妹结合的故事了。瑶族神话中记载：雷王发怒，用大水淹死了地上的人类，伏羲与女娲因躲在葫芦里而逃过一死。洪水退去后，乌龟、竹子、乌鸦等纷纷劝他们兄妹成婚女娲神话传说，以繁衍后代。起初，伏羲与女娲坚决不愿结合。后来太白仙人出面，用石磨、隔山梳头等方式进行占卜后告诉兄妹俩，结合在一起是上天的意志。两人无奈，终于同意结合在一起了。
北方地区也有口耳相传的民间传说：“百姓因故得罪天帝女娲神话传说，遭致大雨和洪水的惩罚。上苍有一位神仙，见伏羲女娲兄妹二人心地善良，于是赐给竹篮作为避水工具。洪水退却之后，兄妹二人成婚。百日以后，女娲生下了一个肉坨，伏羲看到后十分生气，便拿刀乱砍。砍下的肉坨一个个变成了人，恰好一百个。每个人一个姓，这便是百家姓的由来。
受到这些民间传说的影响，伏羲女娲兄妹结合的故事也出现在了文献记载里。唐人李冗的《独异志》中写道：昔宇宙初开之时，只有女娲兄妹两个在昆仑山，而天下未有人民。议以为夫妻，又自羞耻。兄即与妹上昆仑山，咒曰：“天若谴我兄妹二人为妻，而烟悉合；若不，使烟散。”于是烟即合。其妹即来就兄，乃结草为扇以障其面。今时人娶妇执扇，象其事也。
这些关于伏羲与女娲兄妹结合的民间传说，应该是上古先民们在经历了大洪水后创作出来的。可以看到，那时候的华夏先民已经有了性文明的意识，认为生育不再是一种很随意的行为，而必须冠以婚姻的神圣性。
当时的先民们，对待“兄妹通婚”这件事情的态度也显然是十分不排斥的。从神话中伏羲与女娲面对乌龟、竹子等劝婚时的抗拒态度，再到后来二人真正结合在一起后的羞耻心理，都反应了那个时代的先民已经产生了乱伦禁忌。
先民们之所以对“兄妹通婚”开始产生排斥感，是由于人们已经认识到近亲通婚对于氏族后代的繁衍存在着巨大的危害。然而又出现了这样的传说故事，可能是因为当先民们遭遇到大洪水之后，氏族人口大幅减少，不同氏族之间的联系被洪水所阻隔。人们为了氏族人口的繁衍，不得已又在一段时期内恢复了近亲通婚的落后制度。
然而，这也给先民们带来了巨大的危机。好比故事中出现的怪胎、肉坨之类。经此，人们更加坚定一定要摒弃这种不科学的婚配制度，迈向更加文明的族外通婚、一夫一妻的婚姻制度。
