乾隆三十八年，乾隆帝下谕，正式设立编纂馆，编纂集我国古代典籍之大成的《四库全书》。
对于编纂《四库全书》，乾隆有一个酝酿过程。乾隆三十七年（1772年）正月初四，乾隆下了一道谕旨，为充实皇家藏书，要求各地官员搜集古今著作献给朝廷。过了近一年，乾隆见没有响应，便下旨诘责：“曾未见一人将书名奏录。”于是，安徽学政朱筠呈上《谨陈管见开馆校书折》，奏言翰林院藏《永乐大典》，内多逸书，请加采录，核对得失。乾隆即派纪晓岚牵头校核《永乐大典》，并以此为契机，在全国各地掀起了征集古今图书的热潮。由此，引发了乾隆编纂一部大型丛书《四库全书》的想法，下旨设立《四库全书》编纂馆，作为编纂该书的协调机构。
编纂馆的办公场所有两处，一处在翰林院，一个是武英殿。翰林院是四库全书馆的中枢，负责编修；武英殿则负责编修成果的缮写。编纂馆牵头馆臣均为乾隆钦点，纪晓岚、陆锡熊、孙士毅三人为总纂官。戴震、邵普涵、王念孙、朱筠、姚鼐等有360余位官员、学者任编纂，3800多人参与誊抄工作。
乾隆为纂修《四库全书》所下的谕旨达369条，不论是四库馆臣的选调、四部分类的编排、典籍录用的标准，还是对违碍、悖缪书籍的焚毁、抽改、存目等，都必须“候朕定夺”，甚至连校核、缮写、分割贮存也得“候朕裁定”，定于一尊。一如《四库全书总目提要·凡例》所言，乾隆帝“每进一编必经亲览，宏纲巨目悉禀天裁。定千载之是非，决百家之疑似，权衡独运，衮钺斯昭。”
纂修《四库全书》为清朝统治服务，是乾隆的第一政治考量。乾隆一改前朝“兼收并蓄”的藏书做法，采取“寓禁于征”的政策，禁毁反对清朝统治的书籍。为遏制“反清复明”思想的蔓延，乾隆对一切明之所以亡的文字都使其刊刻流传，以证明明朝败亡属于咎由自取，清朝兴盛乃顺应天命。比如，明朝文集中有抵触清朝的词句，本应销毁，但因有明朝灭亡的内容，乾隆便下令将违碍的字句删除后，编入全书；有些书文献价值不高，但符合扬清抑明的要求，也被乾隆下旨收录。
至于纂修的具体业务，如体例、审校、誊录等，乾隆也不断下旨提出要求。如书名以及全书体例之类即由钦定，直接下旨：“将来办理成编时，著名《四库全书》”“朕意从来四库书目以经史子集为纲领，裒辑分储，实古今不易之法”。于是，编纂馆臣依旨行事，经部收录儒家十三部经典及相关著作，史部收录历代史书，子部收录诸子百家著作和类书，集部收录各类人物的诗文词总集和专集等。
不仅如此，乾隆还亲自审阅呈送上来的部分著作，多次下达谕旨，进行校正。一次，乾隆帝发现阎若璩《古文尚书疏证》中“有引李清、钱谦益诸说未经删削者”，而这部书当初是纪晓岚亲自校理的，于是大怒，专谕诘责纪晓岚：“何以并未删去？”令其速“删改换篇”并“自行赔写”。对缮写呈进本中出现的校对差错亦明谕指出：“现在纂办《四库全书》自应悉心校缮，俾免鲁鱼亥豕之讹。”“信手抽阅，即有错字二处，则其余书写舛误者谅复不少”甚至规定“每错一次，记过一次”。馆臣们经过两个多月的复校，又查出誊录错落、字句偏谬多处，分别予以处置，可谓精雕细刻，保证了《四库全书》的质量。
在乾隆的亲自督促下，经过近10年的努力，乾隆四十七年（1782年），我国史上最大一部官修丛书《四库全书》纂修告成，该书共收录图书3461种79337卷，存目图书6766种93551卷。《四库全书》装帧也十分精美，所有卷册皆为软面包背装，各册封面按照春、夏、秋、冬四季颜色，经部采用绿色绢，史部采用红色绢，子部采用青色绢，集部采用灰色绢，不仅增加了全书的美观性，也可以一目了然书的类别，利于取还与阅读。
《四库全书》的编纂成功，使我国大量有价值的图书得以较好的保存并使之得到更好的传播，对研究中国传统文化具有极高价值，但乾隆借修书为名也查禁、销毁、窜改、删除了不少图书，正如鲁迅所言，“清人纂修《四库全书》而古书亡。”
《四库全书》缮写完成后，乾隆对如何妥善存放曾明谕：“近年命儒臣编辑《四库全书》四库全书八部地址，特建文渊、文溯、文源、文津四阁四库全书八部地址， 以资藏庋。”于是，先后建成了北京紫禁城的文渊阁、京郊圆明园的文源阁、承德避暑山庄的文津阁、盛京（今沈阳）故宫的文溯阁，是为“北四阁”。四阁命名颇有讲究，将浩瀚的文化典籍喻作江河之水，水由“源”流出，汇合百川成“渊”，若寻“源”必找渡口“津”，由“津”“溯”流而上，即可寻着“源”。
四阁均在深宫别院，供乾隆随时调阅，外人无缘得见。于是，乾隆下谕旨：“兹《四库全书》允宜广布流传，以光文治。如扬州大观堂之文汇阁，镇江口金山寺之文宗阁，杭州圣因寺行宫之文澜阁，皆有藏书之所，著交四库馆再缮写三份，安贮各该处，俾江浙士子得以就近观摩誊录，用昭我国家藏集美富，教思无穷之盛轨。”因此，“南三阁”的《四库全书》得以对民众开放，文人学子可入内阅看，在办理手续后，还可以把书借出抄录，此举在一定程度上促进了学术的传播和繁荣。
《四库全书》修成后几经沧桑，数套抄本在战火中被焚毁。文源阁本毁于英法联军火烧圆明园，文宗、文汇阁本毁于太平天国运动，只有文渊阁本、文津阁本、文溯阁本和文澜阁本传世。（梅兴无）
